ImageJ功能强大,只有会了这些才能成为老司机 |
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当出现弯曲的条带时应如何使用ImageJ进行调整呢? 下图是一个典型的带型偏斜的条带: 步骤: 1. ImageJ软件打开上述图片,选择下图红框所示Segmented line沿着倾斜条带画间断线段: 2. 鼠标双击Segmented line,设置线段的宽度至包含所有条带: 3. 点击菜单栏Edit,Selection,Straighten,倾斜的WB条带即可拉直: 该功能的其他示例,如将弯曲的尼罗河拉直: 2 荧光图片使用技巧 如何拆分与Merge多通道荧光图片: File->Open->分别打开Red,Green, Blue三个通道的图片: Image -> Color -> Merge Channels可以Merge荧光图片。 图片与像素值互换: 图片由许多像素点(Pixel)组成,每个像素点对应有不同的像素值(Pixel values),如下图所示: ImageJ打开图片: Image菜单下,Transform,Image toresults,得到了对应每个像素点的像素值: 同样在Image菜单下,Transform,Results toimage可以把像素值的表格转换为图片。 荧光核浆比分析: 步骤: ImageJ打开分析图片: Image -> Color -> Split Channels拆分RGB通道 得到RGB三通道(此时R、G、B通道均为8-bit图片): 也可以使用Image-> Color -> Merge Channels将已拆分通道合并: 图中两个细胞有连接,以左边入核明显细胞为例。首先使用 不规则选框将左边细胞框选中: Analyze->Tools->ROI manager(感兴趣区管理器),点击Add: 选择需要测量的参数:在ImageJ软件Analyze下选择Set Measurements设置测量参数,选择Integrated density,Area,Limit to threshold(Image -> Adjust -> Threshold 调节阈值,红色代表选中,选择Limitto threshold只计算红色选择的面积),点击OK。 Image -> Adjust -> Threshold 调节阈值,选择所有阳性信号(红色代表选中): Analyze,Measure,得到结果: 黄色ROI中的红色的灰度值总和为177096,黄色中的红色占黄色面积的51%。 如果不加黄色ROI,进行同等条件的测量: 得到的结果不仅仅只有左边这个细胞,其灰度值总和为254633,大于177096,红色占整张图片的面积百分比为14.9%,远远小于51%。 此时我们已经得到单个细胞总的荧光强度(灰度值)A=177096。接下来需要计算核内的荧光强度B,用总的荧光强度A-B得到胞浆荧光强度C。 对细胞核图片同样进行Image -> Adjust-> Threshold 调节阈值,选择所有阳性信号: Analyze-> Analyze particles分析粒子得到的结果添加到ROI: ROI-3是我们需要分析的细胞核,在上述已经阈值选定的绿色荧光通道中点击ROI-3可在图中显示细胞核轮廓,Analyze,Measure(快捷键Ctrl+M),得到核内的荧光强度B: 核浆比=B/(A-B)=98684/(177096-98684)=1.26。 荧光图片加伪彩: 加伪彩是对灰度图片而言。Lookup tables(LUT)根据像素点不同的像素值显示为不同的颜色,即为伪彩,如下图所示: 打开灰度图片或者将RGB通道图片拆分为对应通道的灰度图片,在Image菜单下选择Lookup tables(Fire): 有多种LUT可供选择,在Image,Color下点击ShowLUT: 在Analyze下点击Tools,选择Calibration Bar,即可给伪彩图片添加Bar(显示不同颜色所对应的灰度值): 调整荧光显示效果: 打开两通道层扫共聚焦荧光图片如下: 目前看起来效果并不好如何进行调整? 步骤: 1. Image -> Color -> Split Channels拆分RGB通道: 2. Process,Enhance Contrat,选择Normalize与Process all 9 slices: 得到如下效果: 3. Image,Stacks,Z projection,选择Max Intensity: 得到可以显示不同层面的最大强大的荧光图片,效果如下: 4. Merge荧光图片 Image,Stacks,3D projection: 得到沿着Y轴旋转的动图: Save as,Gif,保存为动图展示: 今天给大家分享ImaegJ实用技巧就先到此为止了希望对大家有所帮助! — END— 点下“在看”,多根头发返回搜狐,查看更多 |
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